系統方面，vivo X9s搭載了基于Android 7.1的Funtouch OS 3.1。外觀和操作邏輯方面沒有大的變化，但是從X9的Android 6.0升級到Android 7.1，在系統流暢性方面會有所提升。
來一組外觀對比，外觀方面，Funtouch OS 3.1活潑、多彩的配色、統一的圓角矩形圖標都給人不錯的印象。
從底部向上滑的控制中心也是Funtouch OS一直所采用的，目前大多數手機也開始采用這一設計，方便單手操作，并且支持自定義，小編建議可以將一些“相機”“移動網絡/WLAN”“微信掃一掃”等常用功能放在第一屏，習慣后會非常節省時間。
此次vivo X9s系列新增了息屏顯示功能。此前，vivo Xplay6已經搭載了這一功能。
Funtouch OS 3.1依然支持受好評的分屏多任務，在看視頻、看電子書抑或購物時，來消息直接會在右上角顯示，點開即可實現分屏，在查看消息的同時不耽誤手頭的事情。
Funtouch OS 3.1支持微信、QQ分身，對于有兩個賬號的用戶來說還是非常方便的。
