在系統軟件上，Android與IOS兩大陣營都有著不少特點，三星對Android系統的二次開發已經自成一派，Note3搭載的系統基于Android 4.3而來，同時升級的S Pen也有著相配套的升級應用。S Pen作為Note系列的核心賣點，以更為方便快捷的輸入方式，改變了大屏手機的傳統操作模式，給用戶以全新的體驗。
S Pen是Note系列最大賣點
Note3中的S Pen功能在Note II的基礎上進行了重新整合，加入新的功能特性，一鍵呼出的指令讓其使用更加便捷，整合通訊錄、短信、郵件等功能的S Pen不但解決了單手操作大屏手機的難題，同時提高了用戶的使用效率。
S Pen應用
很容易看到在很多Android手機中，三星率先開發出的例如智能暫停、手勢感應、浮窗預覽、智能屏幕、動作操作等人性化操作方式已經被模仿。
又比如在大屏手機的單手操作上，一些特殊的功能也已經被山寨，包括單手撥號、解鎖、發短信等等，一方面著實為大屏手機單手操作實現了可能，另一方面也說明了三星的創新性。
創新功能
IOS 7的發布，將界面扁平化到底，徹底改變了界面樣式、圖標，當然了每個人對于審美的標準不同，所以IOS 7發布、開放升級后，人們對它也是褒貶不一。不過憑借著蘋果對系統的良好優化，即使在硬件上處于劣式，也還是彌補了不少。
控制中心
IOS 7加入了像控制中心、相機濾鏡、新的照片庫分類等這樣的功能（另還有多項用戶體驗上的改進）。IOS的用戶體驗好，但我們更希望看到的是在系統升級時一些創新功能的加入。
還有一點不得不提的是，像iPhone 4、iPhone 4S在運行IOS 7時會出現卡頓的現象，這也正是蘋果一貫的做法，蘋果希望借助系統的升級來淘汰用戶手中的舊款iPhone，以促進新iPhone的銷量。
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