系統方面三星雖然推出過的設備繁多，Android系列都采用了原生系統+TouchWiz界面的方式；跟IOS的思路差不多，既省卻了研發時間又能夠保證很好的統一性；這樣的好處對于消費者來說也是實實在在的，比如在三星GALAXY S4上面出現的許多新功能就能在相對便宜的三星GALAXY Mega 5.8/GALAXY Mega 6.3上面同樣體驗到。
TouchWiz界面依然非常熟悉
所以三星GALAXY Mega 6.3的界面就非常類似于三星GALAXY S4了；新增的功能“浮窗預覽”、Group Play以及更新的Samsung Link體驗和功能都與之相同。
前者可以用手指近距離接觸屏幕就能夠激活圖片等的瀏覽窗口，而后者則是可以在幾臺三星設備之間，通過NFC或者藍牙功能以及本地無線網絡快速傳輸多媒體內容。
橫屏模式自動調整的界面
新增豐富的旅游、閱讀等插件
三星這套界面在三星GALAXY S4誕生之后已經變得非常成熟了，先不說復雜功能，就是桌面的小插件都能夠自動根據橫豎屏幕來調整布局適應當前模式，不得不說三星對于細節的追求還是不錯的。另外三星GALAXY Mega 6.3當中也像GALAXY S4那樣加入了許多獨特的旅游、故事相冊等的桌面插件。
三星GALAXY Mega 6.3的智能操作
因此三星GALAXY Mega 6.3的大多數功能都繼承自三星GALAXY S4，不過由于硬件上面缺少一些傳感器，因此在三星GALAXY S4上面的一些智能暫停、智能滾動等內容都沒有出現在GALAXY Mega 6.3上面；不過其他功能來說還是相對很完善的。
