系統方面，三星B9062采用穩定的Android 2.3(Gingerbread)操作系統，并采用了自家知名的Touchwiz界面，版本為TouchWiz 4.0。該界面相比于原生Android界面來說更為美觀，集成了Facebook、Gmail、Plurk以及Twitter等多種賬戶，長按空白處便會彈出選項欄，方便用戶自行設置桌面插件、壁紙等。
三星B9062的系統運行較為順暢，沒有出現明顯的滯后性，并且有豐富的軟件以及游戲資源可供用戶下載。最高支持七個主屏，用戶可以根據個人喜好調整主屏順序或添加常用程序的快捷方式。屏幕下方為常用工具欄的四個按鈕：撥號、聯系人、短信和應用程序，操作起來非常便捷。
在使用時，滑動屏幕可選擇WLAN、藍牙、數據連接、靜音模式、自動旋轉等。另外，在任務管理器中，用戶可以查看活動應用程序、已下載程序、RAM、以及存儲容量。如果不需要某項程序，可以直接卸載，此外，及時關閉正在運行的程序可以加速手機運行，并延長電池的使用壽命。
