酷派最重要的提升就是采用了高端旗艦手機主流的雙核處理器，而它采用的是目前全球已上市運行頻率最高的1.5GHz雙核。酷派9900在系統方面也進行了升級，采用的是酷派自主研發的智囊4.0操作系統，它是基于Android系統開發的，全新的智囊4.0在界面和功能上進行了非常深入的升級。鎖屏界面向左劃屏可以直接進入相機界面，向右劃屏進入主題桌面。桌面采用5分屏設計，底部采用“通訊錄”、“通話記錄”、“菜單應用”、“撥號盤”和“信息”鍵，貼合大多數商務人士電話數量較多的使用習慣。
解鎖/主桌面
在下拉菜單中，可以很方便的設置WLAN網絡、屏幕亮度和手機模式等等。另外，還可以輕松設置雙卡之間的主卡切換，非常方便。
下拉菜單/主卡切換界面
桌面彈框和應用程序界面
點擊桌面幾秒出現的“添加到主屏幕”界面與一般安卓手機稍有不同，設置內容稍有變化，同樣可以向桌面添加窗口小部件，把不常用到的“新建文件夾”選項改成了“應用程序”，可以將常用應用程序直接添加到桌面。
