酷派9900在系統方面也進行了升級，采用的是酷派自主研發的智囊4.0操作系統，它是基于Android系統開發的，全新的智囊4.0在界面和功能上進行了非常深入的升級，例如桌面增加了CoolRouter（資訊推送）和CoolFans（社交網絡）插件。
酷派9900的界面
實際操控方面，由于酷派9900采用的是性能強勁的1.5GHz雙核處理器，所以在系統運行上比較占優勢，而且寬大的5英寸屏幕可以讓我們方便的使用手指進行操作，雖然分辨率較高，但是對于酷派9900的雙核處理器來說毫無壓力，在界面的滑動時完全沒有延遲，與目前主流的雙核旗艦手機保持在一個水平。
酷派9900的界面
酷派9900的界面
